O Laboratório Especial de Microbiologia Clínica da Disciplina de Infectologia da Universidade Federal de São Paulo existe desde Novembro de 1990 e foi constituído inicialmente como um laboratório de pesquisas e apoio à Microbiologia aplicada ao Controle das Infecções Hospitalares. Sob a direção do Prof. Dr. Antonio Carlos Campos Pignatari e supervisão da farmacêutica-bioquímica Ivani Lúcia Leme funcionou junto à Unidade de Internação de Doenças Infecciosas no 7º. Andar do Hospital São Paulo até 1997 quando passou a ter uma área própria na Rua Leandro Dupret nº188, nas proximidades do Hospital São Paulo, sob a direção do Prof. Dr. Hélio Silva Sader e supervisão da microbiologista Suzane Silbert e ampliando a sua área de atuação para testes especiais de sensibilidade e projetos internacionais de vigilância de resistência bacteriana a antimicrobianos, destacando-se como um centro de referência no país e na América Latina.

A partir de 2001 uma nova área foi agregada ao LEMC, no prédio de pesquisas clínicas da UNIFESP, o Laboratório ALERTA, especialmente desenvolvido para projetos de pesquisa de investigação de mecanismos moleculares de resistência bacteriana a antimicrobianos, sob a direção da Profª. Drª. Ana Cristina Gales.

Com o convite para o Prof. Hélio Sader assumir posição de destaque internacional nos Estados Unidos na área de testes de sensibilidade e vigilância de resistência bacteriana a antimicrobianos, a direção do LEMC foi reassumida pelo Prof. Dr. Antonio Carlos Campos Pignatari.

Nesse período a produção científica foi intensa com diversos trabalhos publicados em revistas indexadas, além de apresentação em congressos nacionais e internacionais. O LEMC tem participação de destaque no programa de Pós-graduação da Disciplina de Infectologia da UNIFESP com a formação de mestres e doutores, e contribuindo para projetos de pós-graduação de pesquisadores de outras instituições do país.

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